O primeiro presidente do Seacec foi Luiz Gastão Bittencourt da Silva, atual vice-presidente da Confederação Nacional do Comércio (CNC), e junto com a primeira diretoria conduziu o sindicato entre os anos de 1986 e 1989. Ele voltaria a presidir o Seacec entre 1992 e 1995 e, também, entre 1998 e 2001. Em 1997, a entidade passou a emitir os certificados de capacidade técnica para as empresas do ramo, substituindo a necessidade de cadastro via Conselho Regional de Administração (CRA).
Ainda naquele ano, registrou-se no Sistema Confederativo da Representação Sindical do Comércio (Sicomércio). Em 2001, pela primeira vez uma mulher foi eleita presidente, a empresária Eline Gurgel Monteiro, cujo mandato se estendeu até 2006, após reeleição em 2004. Foi exatamente naquele ano que o Seacec passou a ter sua primeira sede própria, situada no Ed. Santos Dumont Center. A partir de 2006, os mandatos de cada gestão passaram a ser de quatro anos. Figuraram entre os presidentes do sindicato, ainda, empresários de destaque como Gonçalo Ferreira Filho, Carlos Gualter Gonçalves de Lucena e Paulo César Baltazar Viana.
A atual diretoria, presidida por Fabiano Barreira da Ponte, tomou posse em 2018 e tem mandato até 2022. Foi sob esta gestão que o Seacec se associou à Central Brasileira do Setor de Serviços (Cebrasse). Esse período, também está sendo marcado pelo aumento expressivo do número de empresas associadas e pela modernização em seu processo comunicativo com o mercado e com a sociedade
Também merece destaque a inauguração de uma nova sede, mais ampla e mais moderna, situada no Edifício BS Tower Designer (Rua Gonçalves Lêdo, 777, salas 1016 a 1020), com todo o conforto e aparato tecnológico para bem atender o associado e o público. São quatro salas, quatro vagas de estacionamento e um amplo auditório para realização de palestras, seminários e eventos diversos.